常見的PCR儀有四種類型，分別是普通基礎PCR儀，梯度PCR儀，實時熒光定量PCR儀和原位PCR儀。這四種PCR儀的一般原理有相似的地方，但在結構和配件方面還存在一些差異。那么它們有哪些異同點呢？
PCR儀不同分類的對比
(1)普通基礎PCR儀由主機，加熱模塊，PCR管樣品基座，熱蓋，控制軟件組成。
(2)梯度PCR儀除具有普通PCR儀的結構外，還具有特殊的梯度模塊，可實現對梯度溫度和梯度時間等參數的調整。因此可以在一次實驗中對不同樣品設置不同的退火溫度和退火時間，從而可在短時間內對PCR實驗條件進行優化，提高PCR科研效率。
(3)實時熒光定量PCR儀在普通PCR儀的基礎上增加一個熒光信號采集系統和計算機分析處理系統。熒光檢測系統主要包括激發光源和檢測器。激發光源有鹵鎢燈光源、氬離子激光器、發光二極管LED光源，前者可配多色濾光鏡實現不同激發波長，而單色發光二極管LED價格低、能耗少、壽命長，不過因為是單色，需要不同的LED才能更好地實現不同激發波長。監測系統有超低溫CCD成像系統和PMT光電倍增管，前者可以一次對多點成像，后者靈敏度高但一次只能掃描一個樣品，需要通過逐個掃描實現多樣品檢測，對于大量樣品來說需要較長的時間。
(4)原位PCR儀與普通PCR儀相比，用玻片代替了PCR管，其反應過程是在載玻片的平面上進行的。
